「再者，文殊师利!那药师琉璃光如来在成就大菩提正觉时，因为其在菩萨因地时所发本愿的力量，他便能够以慈悲之眼观察世间有情众生，遇众生有数不清的疾病痛苦，如羸瘦肺痨、糖尿渴症、黄疸肝病等等;或者遇见众生被魔魇所扰，被蛊毒所伤;或者有的短命，有的横死;但药师琉璃光如来会发大慈悲，要让一切有情众生的病痛苦难皆得消灭，让他们祈求消灾弭难的一切愿望都得到满足。」
「由此愿心，那药师琉璃光如来便入三摩地定，要为众生设施方便之门而说神咒。那药师琉璃光如来所入的定又叫『除灭一切众生苦恼定』。药师佛入定后，从其头顶的肉髻发出大光明。在那四射的光芒笼罩中，药师佛开始演说大陀罗尼：「拿摩拔嘎娃地，白沙佳咕噜，外度利亚，钵拉婆拉佳亚，打他嘎打雅，阿啰哈地，三藐三不打雅。达迪雅他：唵，白沙界、白沙界、白沙佳，三莫嘎地，梭哈」
「那药师琉璃光如来当时在光明之中宣说这大陀罗尼毕，大地发生了六种巨大的震动，天地间大放光明，一切众生所有痛苦疾病立时消除，人人都洋溢着健康、安稳和快乐。」
「文殊师利啊!如果看见男子女人中有为疾病所折磨的，就应当一心一意地为他们念咒除病。为此就要经常地洗澡漱口，保持身口的清净无染，将病人所用的食物、药品或者没有小虫的干净饮水念咒一百零八遍，然后才给病人服用，一切病患就会霍然尽除。如果还有其他的要求，只要能够作到至心念诵大陀罗尼，就会得到那药师琉璃光如来的神力加被，如其所愿而得到无病无灾、延年益寿;哪怕命终之后，也能得以往生东方琉璃清净世界，决不会退转到三恶道中去，直到最后终究能够证得大菩提的觉悟。正因为这样的缘故，文殊师利啊!如果有那善男子善女人，对于那药师琉璃光如来，能够一心一意殷勤尊重，恭恭敬敬虔诚地供养药师佛，就应该时时地受持念诵此大陀罗尼，万万不可将此咒废忘啊!」
「再者，文殊师利!如果那些怀有清净坚贞信心的善男子善女人，对于那药师琉璃光如来的一切名号，如像应供、正等觉等等，能够经常恭敬地念诵奉持，清晨用嚼齿木清洁口牙(古印度人用像杨柳枝嚼后除口臭，再以之刷牙)，再洗漱沐浴，使身体齿口都洁净清爽，尔后又用各种各样有香味的鲜花，把上等的佛香燃烧起来，再涂满各种奇香供奉药师琉璃光如来，并演奏伎乐来歌颂赞叹药师佛的形象;不仅如此，他们还能对于那『药师琉璃光如来功德本愿经』加以供养受持，或自己抄写，或请人抄写，一心信奉受持，听闻其中的深奥大义，实践其中的殷殷教诲;不仅如此，他们又能对那弘扬药师如来法门的经师广设供养，向他们施舍一切所需的生活资具，绝不让这些法师们感受些微的匮乏和窘迫。如能做到这些，就可以经常得到诸佛如来的护念摄持，所求的一切愿望都能得到满足，乃至最终得以证得大菩提。」
这时，文殊师利童子便对佛陀说：「世尊!我非常感动地在此立下誓愿。我将在未来时节，在那像法时代，尽我之力行种种方便，帮助一切有清净信心的善男子善女人等，能够听到那世尊药师琉璃光如来的名号，哪怕他们身处睡梦之中，也能让他们因为耳闻佛的名号而觉悟。世尊!一切众生之中，如果能够对此经信奉受持诵读，或者再能给他人演说讲解此部经文;或者能够自己抄写经典，或者能够请他人代为抄此经，以种种花香、涂香、末香、烧香、花鬘、璎珞、幡盖、伎乐等供养此经;以五色彩帛作袋子贮放此经;洒扫地方，安设高座，以净处供养此经。这种时候，四大天王及其眷属，还有无量无尽的百千诸天之众，都会来到此人的清净法坛，对修此药师琉璃光如来法门的人加以供养、摄持、护卫。」
「世尊啊!若依我的誓愿，凡此宝经流行的地方，只要有人能够信奉受持那药师琉璃光如来的法门，那么凭着那药师琉璃光如来的本愿功德之力，凭着那听闻药师琉璃光如来名号所得的忆念功德，则此处便不再会有非分的横死灾难，一切诸恶鬼神也不再能得逞其害，夺人的精气色力;就算真有被夺去精气色力的，也能够使之恢复精力，并使身心享受安乐而一无所虞。」
