佛陀于是告诉文殊师利说：「正是如此，正是如此!如你所说的一样。文殊师利啊!如果有怀清净信心的善男子善女人等，打算供养那药师琉璃光如来，他们应该首先树立那佛的形像，再敷设清净高座安放佛像;散放种种鲜花，熏烧种种香料，又以种种幡幢装饰供养其处;此外，在行供养之前，应该实行七天七夜的八关斋戒，吃清净的饮食，并用香汤沐浴，穿清洁衣物，更为重要的是保持内心的宁静，绝没有污浊垢染，也没有愤怒与嗔害，对于一切有情众生满怀善意，一心要使其得利益，使其得安乐;满腔是慈、悲、喜、舍的四种无量平等心。在这样的情形下面，才来作弦歌鼓乐，恭敬赞叹，右绕佛像，虔心礼敬。此外，还应忆念那药师琉璃光如来的本愿功德，怀着这种意念去诵读那『药师琉璃光如来本愿功德经』，仔细思索它的意义，再向别人演说开示。」
「对于这样的善男子善女人，无论他们有什么样的祈求，都能如愿以偿;欲求长寿者便得长寿;欲求财富者便得财富;欲求官位者便得官位;欲求儿女便得儿女。」
「如果有什么人偶然做了恶梦，有种种恶相现前，或见猫头鹰、乌鸦之类的怪鸟来集家中;或于住处有异声怪相，以至有鬼魅等出现，如遇这些情况，此人只需置办好各种美好的物品，恭敬地供养那药师琉璃光如来，则一切恶梦恶相以及种种不祥之兆，都会消失隐没，不能再为患作怪。」
「如果面对水火刀毒，身临悬崖绝壁、危墙险桥，或受恶象、狮子、虎狼、熊豹、毒蛇、恶蝎、蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等令人恐怖畏惧的毒物威胁时，只要能够全心全意地忆念彼药师如来，至诚恭敬地供养他，便可以摆脱一切危险与恐怖。如果别的国家来侵略骚扰，国内盗贼反叛起乱，只要一心忆念彼药师如来，恭敬地供养他，那么一切盗贼侵略都可以得到解脱。」
「再者，文殊师利啊!如果有些清净信心的善男子善女人们，直到寿命终结，一生都没有信奉过其他各种各样的天，以及湿婆神等天魔外道，一心一意地皈依佛法僧三宝，接受并持守佛为弟子们制定的五戒、十戒、菩萨四百戒、比丘二百五十戒、比丘尼五百戒等。在所受持中，假如有所毁犯，自然会害怕堕入三种恶道的报应。」
「或者有的女子，临到生产小孩时，受极大的痛苦折磨。此时她如果能够至心称名念佛，礼赞那药师琉璃光如来，恭敬供养那药师琉璃光如来，便可以消除一切痛苦。不仅如此，她所生的小孩，也就四肢五官具足，相貌端正，人人见了都会喜欢。这样的孩子，聪明智慧，健康少病，安安稳稳，一切非人的鬼魅之类均不能够夺去他的精气色力。」
这时候，世尊告诉阿难说：「像我这样称赞颂扬那世尊药师琉璃光如来的所有功德，这是十方诸佛最奥妙、甚深的行愿之处，在众生看来是非常难以理解的，你对此是否怀着信心呢?」
阿难回禀佛陀说：「大德世尊啊!对于如来所说的契合世间、出世间一切真实的经典，我是不会有任何疑惑的。为什么呢?因为凡是如来动身发语，起心生念，无不具有清净本质。世尊啊!天上的太阳和月亮可以堕落，巍巍的须弥山可以倾斜倒塌，但只要是诸佛如来所说的话，就是永远真实不需的，不会变异的。」
「世尊!有这样一些众生，他们的信心根基并不具备，一旦听闻十方诸佛的极其深奥的愿行，就会这样去想：为什么说只要忆念那药师琉璃光如来的名号，就可以获得如此之多的微妙功德及殊胜利益呢?就由于这种不信，心生疑惑，他们反而会生出毁谤，从而在生死的漫漫长夜，失却了极大利益，堕入到了各种恶趣之道，于无穷无尽的苦海中，流转不已，永无出期。」
