佛陀告诉文殊师利菩萨说：“从这个世界往东方，越过像十条恒河里的沙子那样多的佛国以后，有一个世界名字叫做净琉璃，其中的佛陀名号称为药师琉璃光如来、应供、正等觉、明行圆满、善逝世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、世尊。文殊师利，你要知道，这位人天敬仰的药师琉璃光如来，在因地修行菩萨道的时候，曾经广发下面的十二大愿，为了让一切有情众生，所有的愿望和需求都能够得到满足。”
“第一大愿，愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，自身发出慈悲智慧等等无量光明，强烈无比，自然照耀数不清的无边世界。以三十二种大丈夫的最佳相貌特征，和八十种最美好的身体形态，来庄严所成就的佛身。并且让所在佛国内的一切有情众生，都像我所成就的佛陀一样光明美好，没有任何差别。”
“第二大愿，愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，所成就的佛身犹如清净琉璃一般，从内到外光明透彻，纯净无暇;所放射出的光明，广大无边;所成就的功德，巍巍高大如同山岳;佛身清凉自在，随处安乐;各种光明交织成了光焰之网，庄严美好，强烈无比，远远胜过了日月之光。处于黑暗当中的恶道众生，遇到佛光以后，都能够开发出心中的光明智慧，随它们的愿望而自在投生，并且能够成就它们所希望的事业。”
“第三大愿，愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，以无穷无尽的智慧和各种方法，让所在佛国内的一切有情众生，都能够得到用不完的生活用品和各种所需品，不会让众生有任何缺少。”
“第四大愿，愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，倘若所在佛国内的一切有情，有人修行偏邪外道法门的话，我都将让他们安住在成佛的菩提道当中;倘若有人修行声闻和独觉法门的话，我都将用大乘佛法，使他们得到究竟的安身立命之所。”
“第五大愿，愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，倘若有无量无边数不清的有情众生，能够在我所弘扬的佛法当中，修行清净的梵行。我将让他们的一切修行完全符合戒律的要求，并且自然具备菩萨的三聚净戒，所谓的断一切恶;修一切善;度一切众生。假设这些众生的行为，有了破坏和违犯戒律的地方，只要听到我成佛时的名号，破戒的罪过就会消灭，戒体自然恢复清净，将来也就不会堕落在恶道当中。”
“第六大愿，愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，倘若所在佛国内的一切有情众生，有的人身体条件很差，或者六根发育不健全;或者相貌丑陋，智力低下;或者眼睛失明、耳聋、嗓音沙哑，甚至不能说话;或者手脚残疾，天生驼背;或者有麻风病，以及精神失常，等等，各种疾病痛苦。只要听到我成佛时的名号，一切疾病自然痊愈，身体相貌端正，富有聪明智慧，六根健全完好，不再有任何疾病痛苦。”
“第七大愿，愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，倘若所在佛国内的一切有情众生，遭受了众病缠身之苦，而且既没有得到救助，也没有可以养病的栖身之所;没有条件请医生，也没有药品;没有亲人照顾，也没有家的温暖;因为贫穷的缘故，遭受了很多痛苦。这时，只要有人念诵我成佛时的名号，佛号一旦穿越了他的耳根，所有的各种疾病都将自然消除，他的身心将变得安稳而快乐;家宅眷属以及各种生活用品，都将自然产生，并且充足无比;最终，他们将像我一样，证得无上正等正觉。”
“第八大愿，愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，倘若有任何一个女人，被女人天生的种种缺陷和苦事，逼迫得烦恼无比，所以产生了极大的厌倦和远离之心，希望将来能够不再生为女人之身。当她听到我成佛的名号以后，都能够在下一世转女身为男身，具备大丈夫的堂堂相貌，乃至于生生世世生为男身，直到最终证得无上正等正觉。”
“第九大愿，愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，能够使一切有情众生，冲出魔王的天罗地网，解除一切邪门外道的纠缠和束缚。倘若有人沉迷于各种各样的邪恶见解当中，我都将引导帮助他们回到正知正见当中，并且使他们逐渐能够修学各种菩萨行，迅速地成就无上正等正觉。”
“第十大愿，愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，倘若一切有情众生，受到国家法律的制裁，或者被绳子捆绑，被鞭子抽打;或者被囚禁在牢狱当中;或者按照刑律即将被处死;以及其它数不清的各种灾难、伤害和凌辱。当他们被悲伤和忧愁煎熬的时候，身心承受着极大的痛苦。这时，只要他们听到我成佛的名号，因为我圆满的福德与威神力的缘故，他们都能够从各种忧愁和痛苦当中获得解脱。”
