本经全名为《药师琉璃光如来本愿功德经》，简称药师经。经名开宗明义地告诉我们，此经阐述的是药师如来在未成佛的本因位上，发大愿、立大志所成就的功勋德业。经名亦告诉我们，这部经是已获修行成功，已成为「药师琉璃光如来」的药师佛，回顾从菩萨到成佛的修行经历，并以此为众生树立榜样，做众生表率，给众生指示通往成功的途径。
佛经命名通常是从「人、法、喻」三个角度出发。如《阿弥陀经》以佛的名号命名佛经，叫以人立名。《般舟三味经》以般舟三味这一佛法为经命名，叫以法立名。《稻秆经》以稻秆比喻缘生法，这叫以喻立名。以上都属单立名。《妙法莲花经》，经名中有法有喻，叫法喻复立名。《普贤菩萨行愿品》则为人法复立名。《如来狮子吼经》为人喻复立名。《大方广佛华严经》被称作人法喻俱立名。佛经命名不出以上七种方式，即三种单立名、三种复立名、一种俱立名。
《药师琉璃光如来本愿功德经》是以法立名的。「药师琉璃光如来」是佛的名号，「本愿功德」是佛法。但此处佛的名号中的「琉璃光」是个比喻，故此经亦可看作人法喻俱足的俱立名。
「药师琉璃光如来」为梵文Bhaisajyaguru-vaiduraprabhasa的意译，音译为「鞞杀社窭噜辟琉璃」，也可译为大医王如来。世间众生生理上有老病死苦，心理上有贪嗔痴苦，佛法不仅能解除人们生理之苦，尤能消除人们心灵之苦。所以佛是最了不起的医生，被称作大医王。能治愈人们身心一切疾患，施法药之师就叫药师。
「琉璃光」之琉璃不是现代所谓琉璃瓦的琉璃。而是梵语「辟琉璃」(Vaidurya)的略译。辟琉璃是一种青色宝石。这种宝石剔透晶莹，呈天青色，是蓝宝石中的珍品。琉璃光即指琉璃宝透射的净光。以琉璃光为佛名，显现佛德，比喻药师佛纯粹光明、洞澈表里的智慧之光。
「如来」是梵文多陀阿伽陀(Tathagata)的意译。「如」即真如，含如实之意，指一切事物的真实状况。「来」即实现，到来之意，指最终成果。所谓如来即「乘真如之道，从因来果」。《成实论》说：「如来者，乘如实道来成正觉，故曰如来。」凡通达真理，获得最终觉悟，自觉觉他，觉行圆满，获修行最高成就的人都叫如来。如来是所有成佛者的共同称谓。药师佛也可称作药师如来。
「本愿」指药师佛成佛以前，还处于菩萨修行的本因之位时，发下的誓愿。菩萨为佛之本，菩萨成佛以前，都要发大誓愿，在誓愿鞭策下，菩萨建立救世的功业，同时自己个人修行也获得成功。愿力是成功的动力，在愿力的作用下成就的功勋德业就叫本愿功德。
人们要成就任何一件事，都先要立下志向，要有获得成功的决心。用誓愿的方式把愿望和决心肯定下来，誓愿就成为警策自己，促使自己精进的力量。
菩萨发的愿分为别愿和总愿。总愿是所有菩萨的共同誓愿，显教菩萨的总愿是四弘誓愿：众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断，法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成。这四个宏大无边的誓愿是菩萨行苦集灭道四谛(真理)法的共同决心和意愿。菩萨的别愿是每个菩萨独有的誓愿，如普贤菩萨的十愿，阿弥陀佛的二十四愿、四十八愿，千手观音的六愿、十愿等。本经中药师如来十二大愿，是药师佛在本行菩萨道时的别愿。
佛所说法，由弟子结集、会诵、记录整理成文，被称为修多罗(Sutra)。修多罗包含的意义为：能产生出各种意义;能具备无尽的含义;如泉水一样不断涌出;能显示各种意义;如绳线和墨斗可以辨别斜正;如绳线串花一样可以贯串诸法;能上合真理下契众生的根基。
修多罗既包含了如此多的含义，将修多罗译为汉语时，用什么词才能恰如其分呢?有人认为可以把修多罗译作「线」，取其能贯串诸法，如线之串花，反映修多罗是佛的言论结集而成的这一特点。但是最通行的，是将其译为「经」。因为中文「经」字，既含有贯串之意，而且，中国人把古代先贤言教、足以成为后世圭臬，有无尽含义的，可作辨析是非标准的著述，叫做经。为了突出佛的言教能契理契机，所以也把修多罗译为契经。
《华严经疏》说：「修多罗……，古译为契经，契谓契理契机，经谓贯穿摄化，即契理合机之经。……正翻名线，线能贯花，经能持纬。此方不贯线称，故存于经」。就是说由于经比线的称谓高贵些，所以将记录佛的言教所成的文字篇章称作经。
总之，经文题目包含的意思是：这位成佛的觉者，智慧之光如天青色宝石发出的净光，透澈内外。他在成佛前修行时，发大誓愿，要拯救一切众生，如医生之救病。在愿力鞭策下，成就了最伟大的功勋和德业。这些都是释迦牟尼佛为众生讲述的真理，是众生修行的指南和依据。
(请看本书第二部分《药师经的形成与翻译》)劣，外扶根尘差异也不明显，就成为病态的两性人。两性人内心的痛苦，远远超过常人。
命根是生命依托的物质基础，现代心理学认为，人的生命中枢在延脑部分，或许，延脑就是命根所在，一旦此处受伤，就会生命垂危。
「苦乐忧喜舍」这五种根叫做五受根，分别产生痛苦、快乐、忧愁、喜悦、以及不喜不忧平淡的舍受等五种情感体验。美国科学家五十年代研究发现，人和动物的下丘脑存在「快乐中枢」，刺激此处，会产生愉悦感。有些药物也能刺激人的乐神经，使人大笑不已。密宗认为人身上有「大乐轮」，一旦气脉打通大乐轮，就会有不可言喻的快乐感受。至于其它几种感受，其根在人体何处，科学家正在研究之中。不过我们可以确信，既有这种功能，一定有产生这种功能的根据即根的存在。五受根缺损，对一切无所感，便是麻木不仁的白痴。
信根是信仰产生的基础。佛经中说：「信为道元功德母，长养一切诸善法。」信根坚固的人对谛理谛实能生诚信，对世出世间真理能生信心，所以能破邪见。反之信根欠缺的人怀疑一切，不信真理、不信正法、不信因果，找不到人生的正确道路，任凭我执支配，滋长邪见，堕入邪道，毁掉自己的一生。
精进根又叫勤根，是进取心、上进心产生的基础。有精进精神的人，孜孜不倦追求真理、追求光明、追求事业功业的成就，百折不挠创立十善功业。缺乏精进根，一辈子懒懒散散，无所事事，不能奋起努力，蹉跎终生，一事无成。
念根是记忆力产生的依据。唯识论说：「云何为念?于曾习境，令心铭记不忘。」念根也可产生专注心，《大乘义章》十二卷说「守境为念。」《遗教经》说：「若念力坚强，虽入五欲贼中，不为所害。」所以念根具足的人，头脑清晰、记忆力强，能使念头集中于正法，不被外境所扰乱。反之缺乏念根，什么都记不住，正信不能保持，注意力不能集中，也难做深邃的思维。
定根是自控力产生的依据。定根具足的人意志品质良好，有高度的自控力，能摄持身心，使心止于一境而不散失。有定根的人才能习禅修定，才能启迪出超凡的智慧，才作得自己的主人。缺乏定根的人身心散漫，管不住自己，随意识攀缘外境，随波逐流，造业起惑，沉沦生死，难以自拔。
慧根是智慧产生的基础。智慧包括世智聪明，即世间黠慧，和般若智慧。世间黠慧即所谓的小聪明，以敏锐的分辨能力为特征，耳聪目明即为聪明。般若智慧对事物的领悟是全方位的、总体性的、根本性的，而且是直接地把握精髓和实质。慧根具足才能领悟宇宙人生的最高真理。有一点慧根，具备一点世间黠慧，也能过正常人的生活，不具备慧根就成了愚人、蠢汉。
信、精进、念、定、慧五种根是圣道根本，可产生五力。即信力、、精进力、念力、定力、慧力。五根五力都包含在三十七道品中，是修道的重要资粮，获得正觉的基础。
未知当知根是在意、乐、善、舍、信、精进、念、定、慧九根基础上，处于见道位的修习过程中，对四谛欲知而未知时的渴求心理产生的依据。已知根也是建立在上述九根基础上，修道位上对四谛理一一了知的能力产生的依据。具知根也是上述九根修至无学位时，对四谛真理完全领悟，证知能力产生的依据。
概言之，未知当知根、已知根、具知根是追求真理、认识真理、证悟真理的求知欲、知性、觉性产生的基础。三无漏根是获得觉悟的必备条件。
诸根不具的痛苦
完美的正报身是过去世善业感来的果报，「其身下劣，诸根不具」，是过去世恶业感来的苦果。
「下劣」指身体矮小衰弱，或头大身小，或身长足短，种种畸形。「诸根不具」指各种根不完备，或有外表的残缺，或有内部损伤。其身下劣，身相就丑陋，如果信等五根不完具，人就愚蠢顽劣，眼等五根不具则为瞎子聋哑人。所以经文概括为「丑陋顽愚、盲聋喑哑」。
「丑陋」指相貌不美好，让人厌恶或瞧不起。「顽愚」指心智不开，顽冥愚蠢。「盲」是瞎子。「聋」即耳聋。「喑」指嗓音嘶沙，发音困难。「哑」即哑巴，不能说话。
除了上述几种根身的残疾外，下劣的身相还表现为「挛躄背偻、白癞颠狂」等。「挛」指手卷曲，无法伸直，俗称「爪手」。「躄」即两足瘸。「背偻」即驼背。这三种都是身形的残缺。「白癞」指大麻风，是一种可怕疾患，可导致肢体节节脱落。「颠狂」即精神失常，心智迷乱。
根身下劣、诸根不具，还会形成其它许多疾患和痛苦，无法一一列举，所以用「种种痛苦」作概括。
根身残疾和病患，带给人的痛苦是深重的。为了使他们免于苦难，药师如来发下誓愿，愿所有残疾人「闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。」下劣身躯转变为端正，顽愚之心豁然开悟，变得聪明伶俐，残缺的根，变得完整齐备，一切疾病痛苦都彻底消除。
综上所述：药师如来发下第六大愿，愿来世得无上正觉时，使有情众生那些身体畸形，有各种残疾，五官欠缺、根不完具、外表丑陋、内心冥顽的人，比如眼瞎、耳聋、沙哑、两手弯曲、两足具废、驼背、麻风、精神失常的人，都从深重的苦难中解脱出来。愿这些人听闻到药师如来的名号后，形相丑陋的，变得端正美好;心性顽愚的，变得聪明有智慧;诸根缺损的，变得完好具备，再也没有残疾，没有痛苦。
(请看下一篇，介绍药师如来的第7——12大愿)
物质享受，钱财、妻妾美眷、名誉地位、丰美的食物，如加上睡得舒服，就是所谓财、色、名、食、睡五欲之乐，这是世间之人认为的快乐。
四人各执己见，争论不休。佛听见后，告诉他们说：「你等学佛，未循正道修养，误以世法为乐。春景刚至秋来摧残，有何快乐?盛会不长盛筵易散，有何快乐?钱是五共之物，得来辛苦散去忧愁，有何快乐?妻妾满堂，难免生怨死离，有何快乐?真正快乐唯在解脱烦恼，证入涅槃。」世俗的快乐总是紧跟着更大的不快乐，所以叫有漏乐，唯出家修行的快乐才是无漏的真正快乐，修行的成功才是人生最大成功之处。
综上所述，本段经文释迦佛又告诉文殊菩萨说：曼殊室利!有的人，虽然能于如来正法中受持种种戒律，但又不能严格守戒，破坏了戒性的清净。有的人虽然受戒后并不破戒，却违背公共道德。有的人也能守戒，也能遵守公共道德，但又受邪见影响，破坏佛法正见。有的人树立正见后，拋弃多闻，不能进一步领悟佛经的深奥义理。有的人不放弃多闻正法，但自认学修有成就生起骄慢之心，骄慢之心覆盖智慧，于是自以为是，他们瞧不起别人，总觉得自己是对的，别人都不对，进而连正法也要嫌怨、毁谤，堕落成邪魔的伙伴和党羽了。
像上面所说的这些愚蠢的人，不但自己行邪见，同时还会使无量亿数的众生堕入邪见深渊。这些众生将堕入地狱、饿鬼、畜生道中，在三恶趣转来转去，受无穷无尽的痛苦。但是，如果他们能在听到药师琉璃光如来的名号后舍弃恶行，修习善法，也可以不堕恶趣。
如果那些众生已没有自我拯拔的能力，无法摆脱恶行，修习善法，因而在恶趣中流转沉沦，药师佛就会以他伟大本愿力，让那些众生听到他的名号。就在那些众生听到药师佛名号的当下，罪恶的生命结束，他们得以重新转生于人间。回到人间重新做人后，药师佛会进一步护佑他们，使他们树立佛法正见，精进修行，永不退堕，并从修行中体会到内心调和的快乐。为了获得人生的更大成就，他们还会舍家修行，在正法指引下，受持种种戒律，决不毁犯。他们会坚持正见、广求多闻，不断领悟佛经的奥义，永不骄傲，远离增上慢，不毁谤正法，不堕入魔道，不为魔伴。这样一步一步努力精进，渐渐地修行诸菩萨的六度万行，功德迅速圆满，以至获得最后的成功。
